از آفات مهم آفتابگردان به گنجشک و پروانه دانه خوار آفتابگردان که از برگ ها، گل ها و سپس دانه ها تغذیه می کند می توان اشاره کرد. از امراض مهم آفتابگردان هم به سفیدک داخلی آفتابگردان و زنگ آفتابگردان می توان اشاره کرد. ضد عفونی کردن بذر با قارچ کش هایی مانند گرانوزان و مرکوران به نسبت دو صدم و از بین بردن بقایای گیاهی سال قبل و همچنین ارقام مقاوم از جمله راه های جلوگیری از شیوع این بیماری است.
بیماری های دیگری مثل پوسیدگی طوقه آفتابگردان، بیماری بوته میری و پوسیدگی طبق آفتابگردان هم از جمله بیماری های آفتابگردان است.
برداشت آفتابگردان زمانی انجام می شود که گیاه به بلوغ کامل فیزلولوژیکی خود رسیده باشد و ساقه ها از داخل خشک شده باشند. پشت طبق ها قهوه ای شده و رطوبت دانه به هشت تا نه درصد رسیده باشد.
