بعد از واقعه طرفداری وزیر شاه ماد از کوروش، کوروش قوی شد و تعدادی از طوایف که تحت تسلط شاه ماد بودند به جانبش رفتند. بالأخره شاه ماد با سپاهی به سوی پارس عزیمت کرد و در نزدیکی پاسارگاد جنگ سختی روی داد که کوروش فاتح و او اسیر شد. این حکایت آمیخته به افسانه به نظر می رسد ولی نشان می دهد که پارس ها و خود مادها از شاه ماد ناراضی بودند و کمک هایی از طرف آنها به کوروش شده است.
هنوز جزئیات بسیاری از این نبرد مشخص نیست. به عنوان مثال مشخص نیست که آیا کوروش خودش این جنگ را آغاز کرده یا آستیاگ او را به نبرد واداشته است. یک متن قدیمی بابلی به نام «سالنامه ی نبونید» می گوید که نخست استیاگ -که از به قدرت رسیدن کوروش در میان پارسیان سخت نگران بوده است– برای از بین بردن خطر کوروش به او حمله می کند. به این ترتیب این سالنامه آستیاگ را آغازگر جنگ معرفی می کند. اما هرودوت خواست و اراده کوروش را دلیل آغاز جنگ می داند.
جنگ میان پارسیان و مادها به باور بسیاری از مورخان بسیار طولانی تر و توانفرساتر از آن چیزی بوده که انتظار می رفته است. گفته می شود که این جنگ سه سال به درازا کشید و در طی این مدت، دو طرف به دفعات با یکدیگر درگیر شدند. در شمار دفعات این درگیری ها اختلاف نظر وجود دارد.
هرودوت فقط به دو نبرد اشاره دارد که در نبرد اول آستیاگ حضور نداشته و هارپاگ که فرماندهی سپاه را بر عهده دارد به همراه سربازانش میدان را خالی می کند و می گریزد. پس از آن آستیاگ شخصاً فرماندهی نیروهایی را که هنوز به وی وفادار مانده اند به عهده می گیرد تا خیانت های هارپاگ را خنثی کند لیکن شکست می خورد و اسیر می شود. اما بقیه مورخان با تصویری که هرودوت از این نبرد ترسیم می کند موافقت چندانی ندارند. از جمله ”پولی ین“ می نویسد که کوروش سه بار با مادها جنگید و هر سه بار شکست خورد. صحنه چهارمین نبرد پاسارگاد بود که زنان پارسی و بچه هایشان در آنجا زندگی می کردند. پارس ها در آن جا هم از صحنه نبرد فرار کردند. اما دوباره به سوی مادها که در جریان تعقیب لشکر پارس پراکنده شده بودند بازگشتند و این بار فتحشان به گونه ای بود که کوروش دیگر نیازی به پیکار مجدد ندید.
نیکلای دمشقی نیز در روایتی از این نبرد به عقب نشینی پارس ها به سوی پاسارگاد اشاره می کند و غیرتمندی زنان پارسی را می ستاید که در بلندی پناه گرفته بودند و با داد و فریادهایشان، پدران، برادران و شوهرانشان را ترغیب می کردند شجاعت بیشتری به خرج دهند و به قبول شکست گردن ننهند و حتی این موضوع را از دلایل اصلی پیروزی نهایی پارسیان قلمداد می کند.
به هر صورت فرجام جنگ، پیروزی پارس ها و اسارت آستیاگ بود. کوروش کبیر در سال ۵۵٠ پیش از میلاد وارد اکباتان (هگمتانه – همدان) شد، بر تخت پادشاه مغلوب جلوس کرد و تاج او را به نشانه انقراض دولت ماد و آغاز حاکمیت پارسیان بر سر گذاشت. خزانه عظیم ماد به تصرف پارس ها درآمد و درنتیجه این گنجینه به منزله یک گنجینه بی همتا و یک ثروت لایزال که بی شک برای جنگ های آینده بی نهایت مفید واقع می شد، به انزان (انشان) منتقل شد.
کوروش برای جنگ با قوای ماد به جز قوای خودش به احدی متکی نبود و این قوا قبلاً با تلاش بسیار از اتحاد قبایل مختلف تشکیل شده بود.
نبونید پادشاه بابل این واقعه را به این صورت نوشته:«او (شاه ماد) قشونی جمع کرده به جنگ کوروش رفت ولی لشگرش یاغی شد و ایخ توویگو (آستیاگ) را گرفته تسلیم کوروش کرد. پس از آن کوروش همدان را تسخیر کرد، طلا و ثروت زیادی به تصرف او درآمد و تمام این غنایم را به انشان برد.»
