ماهی ها بیش از نیمی از گونه های مهره داران را تشکیل می دهند با این حال برخلاف پستانداران، خزندگان و پرندگان تحقیقات زیادی درباره آنها انجام نشده و خویشاوندی میان بسیاری از انواع ماهی ها با یکدیگر به طورکلی ناشناخته باقی مانده است. چندی پیش دانشمندان اطلاعات ژنتیکی و فیزیکی گسترده موجود درباره گونه های مختلف ماهی ها را با هم یکپارچه کردند تا یک شجره نامه جدید برای آنها درست کنند.
مقدار گسترده اطلاعات تولید شده از توالی DNA ماهی ها و شمار ژن های تجزیه و تحلیل شده و نیز الگوهای جدید از روابط میان خانواده های ماهی ها مستلزم سوپررایانه هایی برای تجزیه و تحلیل آنها بوده و این تحقیق احتمالاً وسیع ترین تجدید نظر سیستماتیک درباره ماهی ها در طول تاریخ بوده است.
این تحقیق برخی از یافته های قبلی درباره روابط بین ماهی ها را تأیید می کند اما یافته های دیگر ایده های موجود را تغییر می دهند. به این ترتیب گروه بندی های مختلفی در این شجره نامه جدید پیشنهاد شده است. به عنوان مثال، تون ها و مارلینز هر دو ماهی هایی هستند که به سرعت شنا می کنند و بدن های بزرگ و کارآمدی دارند درحالی که در شاخه های مختلف درخت قرار داده شده اند. براساس این تحقیق به نظر می رسد که تون ها به اسب های دریایی کوچک که کم تحرک هستند نزدیک تر باشند در حالی که مارلینز بستگان نزدیک فلت فیش ها (flatfishes) هستند که سرهای نامتقارنی دارند.
داشتن دانش لازم درباره روابط تکاملی میان ماهی ها توانایی دانشمندان را برای پیش بینی این که گونه های وابسته به هم چگونه ممکن است به عوامل محیطی مانند تغییرات آب و هوایی واکنش نشان دهند بهبود می بخشد.