مثل زمین و بسیاری دیگر از سیاره های منظومه شمسی، مشتری مثل یک مغناطیس غول آسا عمل می کند. حوزه مغناطیسی مشتری (مغناظکره مشتری) به میزان میلیون ها کیلومتر در فضا گسترش می یابد. دنباله این حوزه مغناطیسی (که به وسیله بادهای خورشیدی گسترش می یابد) به داخل مدار کیوان (زحل) هم کشیده می شود. مقدار بسیار زیادی از ذرات باردار، در داخل این مغناطکره مخصوصاً در بخش های داخلی مغناطکره مشتری به دام انداخته می شوند. این باعث می شود مشتری نسبت به سایر سیارات تشعشعات مرگبار تری را در آب و هوایش داشته باشد.
نیروی مغناطیسی در فاصله ای دور در فضا در منطقه ای که اطراف سیاره را احاطه کرده و حوزه مغناطیسی نام دارد، گسترش می یابد. طبق اندازه گیری هایی که به وسیله فضاپیماها انجام شده، حوزه مغناطیسی مشتری حدود 14 برابر قوی تر از حوزه مغناطیسی زمین است. حوزه مغناطیسی مشتری قوی ترین حوزه مغناطیسی در منظومه شمسی است البته به استثنای حوزه های مغناطیسی لکه های خورشیدی که از خورشید منشأ می گیرند و دیگر مناطق کوچک روی سطح خورشید.
دانشمندان نمی توانند به طور کامل بفهمند که سیاره ها چگونه حوزه مغناطیسی تولید می کنند. آنها حدس می زنند که حرکت ذرات باردار الکتریکی در داخل سیارات حوزه ها را تولید می کند. حوزه مغناطیسی مشتری بسیار قوی تر از حوزه مغناطیسی زمین است. چون مشتری بزرگ تر از زمین است و سریع تر از زمین هم می چرخد.
حوزه مغناطیسی مشتری، الکترون ها، پروتون ها و دیگر ذراتی را که از نظر الکتریکی باردار می شوند را در کمربندهای تشعشعی اطراف سیاره به دام می اندازد. ذرات به قدری قدرتمند هستند که می توانند به دستگاه های کار گذاشته شده در فضاپیماهایی که نزدیک سیاره هستند، صدمه بزنند.
حوزه مغناطیسی مشتری که در فضایی به نام مغناطکره است، برای این سیاره مثل یک حفاظ عمل می کند. این حوزه مغناطیسی از سیاره در مقابل بادهای خورشیدی و جریان پیوسته ذرات باردار که از خورشید می آید، حفاظت می کند. بیشتر این ذرات، الکترون ها و پروتون هایی هستند که با سرعتی حدود 310 مایل (500 کیلومتر در ثانیه) سفر می کنند. این حوزه ذرات باردار را در کمربند تشعشعی به دام می اندازد. ذرات به دام انداخته شده وارد منطقه مغناطکره نزدیک قطب های حوزه مغناطیسی می شوند. وقتی یک طرف سیاره از خورشید دور می شود، مغناطکره به دنباله مغناطیسی ای تبدیل می شود که دست کم 435 میلیون مایل یا 700 میلیون کیلومتر درازی دارد.
