دو نوع مختلف از سلول ها وجود دارند که از لحاظ ساختای و پیچیدگی داخلی تاحدزیادی با هم متفاوتند. سلول های پروکاریوت ساده تر هستند و از نظر تکاملی پیش ساز انواع سلول های پروکاریوتی به شمار می روند.
با این که هم سلول های پروکاریوتی و هم سلول های یوکاریوتی می توانند دیواره سلولی و غشای سلولی داشته باشند که سیتوپلاسم سلولی را در میان می گیرند، اما شباهت های ساختاری آنها در همین جا به پایان می رسد.
داخل یک سلول پروکاریوت، مثل سلول باکتری، اندامک ها داخل محدوده غشا وجود ندارند. اندامک ساختاری زیرسلولی است که کارکرد خاص دارد. حتی مواد ژنتیکی گرچه اغلب در گوشه ای داخل سلول هستند اما با یک غشا محدود نشده اند.
به طورکلی سلول های یوکاریوت هر نوع سلولی به جز باکتری ها را دربرمی گیرند. مشخصه سلول های یوکاریوت این است که اندامک های داخلی به وسیله یک غشا احاطه شده اند و همین امر سازماندهی و بهره وری آنها را افزایش می دهد. برخلاف پروکاریوت ها، در داخل یوکاریوت ها کروموزوم ها قرار دارند که از دی ان ای هایی با درازاهای مختلف تشکیل و درون یک غشای هسته ذخیره شد اند. به خاطر این که پروکاریوت ها ساده تر هستند، اندامک ها در محدوده داخل غشای آنها وجود ندارند. همچنین پروکاریوت ها درمقایسه با یوکاریوت ها خیلی کوچک ترند. اندازه پروکاریوت ها 1 تا 10 میکرومتر است درحالی که اندازه یوکاریوت ها بین ده تا 100 میکرومتر متغیر است.